img
Prof. Dr. Mustafa ÖZKAN

SARS-CoV-2 Epidemiyolojisi

SARS-CoV-2 Epidemiyolojisi
22May

SARS-CoV-2 Epidemiyolojisi

SARS-CoV-2 epidemiyolojisi arayüzü virüs yayılımının gerçek zamanlı anlık görüntüsünü sunmaktadır. Dizilenen genomların filogenetik analizini takip eden zaman ve konum çözümlemeleri ile olası virüs geçişkenlikleri haritada gösterilir. Nextstrain platformunun kullandığı Auspice ön yüzünü kullanmakla beraber, arka planda Augur kullanılmıştır. Tüm veriler GISAID veritabanından çekilmiştir. 
 
Özellikle Türkiye'ye yönelik analizler yapılması açısından, Türkiye şehirlerinin konumları veri setine eklenmiştir. Türkiye'den GISAID veritabanına eklenecek genomlar ile uygulamanın güncel tutulması planlanmıştır. 
 
Virüsün (i) genom dizisi, genomunu elde edildiği (ii) tarih ve (iii) şehir bilgileri algoritmanın girdilerini oluşturmaktadır. Sonuç olarak genomların ülke içi ve dışındaki evrimsel ilişkileri ortaya çıkarılmıştır. Yayılım örüntüleri virüsün takibini kolaylaştıracak ve karar vericilerin gerekli önlemleri almalarını sağlayacaktır.
 
Tüm genom çoklu hizalanmasında MAFFT algoritması kullanılmıştır. Çoklu hiza ile IQTREE kullanılarak filogenetik ağaç oluşturulmuştur. Augur ile filogenetik ağaç zaman-çözümlü olarak yenden oluşturulmuştur. Türkiye GISAID'den edinilen tablodan çekilmiştir. Türkiye şehirlerin harita konumları veri setine eklenmiştir. Görselleştirme için Auspice kullanılmıştır.





 Kaynak: http://sarscov2.adebalilab.org/latest

YASAL UYARI :
www.drmustafaozkan.net sitesi herhangi bir ticari kaygı taşımadan, hastalıklar konusunda kişileri bilgilendirmek amacı ile hazırlanmış olup, sağlık hizmeti vermemektedir. Tanı ve tedavinin kesinlikle bir doktor tarafından yapılması gerekmektedir.Sadece site ziyaretçilerini bilgilendirme amacıyla hazırlanmıştır, hastaların yönlendirilmesi amacını taşımaz.
Bu site üzerinden gerçek bir muayene, teşhis ve tedavinin yerine geçecek herhangi bir sağlık hizmeti verilmemektedir.Bu sitedeki bilgiler hastaların tanı ve tedavisi amacı ile kullanılamaz. Bu site içeriğinin bu amaçla kullanımından doğacak tüm sorumluluk ziyaretçiye ve kullanıcıya aittir.Bu siteyi ziyaret eden kisiler bu uyarıları kabul etmiş sayılırlar.Bu sitedeki bilgiler her gün güncelleştirilemediğinden her bilginin ziyaretçi tarafından doktoruna danışılarak kontrol edilmesi doğru olur.